Approches informatiques pour l'analyse du transcriptome du cancer par RNA-Seq

L'ARN-Seq constitue une plateforme id?ale pour ?tudier l'ensemble des transcrits ? un stade de d?veloppement ou dans des conditions physiologiques sp?cifiques. Il r?v?le non seulement les changements au niveau de l'expression, mais aussi les changements structurels dans les s?quences codantes, y compris les r?arrangements de g?nes. Dans cette th?se, je pr?sente mes contributions au d?veloppement d'outils informatiques pour l'analyse robuste et efficace des donn?es RNA-Seq afin de soutenir la recherche sur le cancer. Afin d'automatiser la proc?dure laborieuse et informatiquement intensive de gestion des donn?es RNA-Seq, j'ai travaill? sur le d?veloppement de Hydra, un pipeline RNA-Seq pour le traitement parall?le et le contr?le de qualit? d'un grand nombre d'?chantillons. Je pr?sente ensuite QueryFuse, un nouvel algorithme de d?tection des fusions sp?cifiques aux g?nes pour les donn?es RNA-Seq align?es. Il est con?u pour aider les biologistes ? trouver et/ou ? valider rapidement par le calcul les fusions d'int?r?t, et ? annoter les ?v?nements d?tect?s par une visualisation et des propri?t?s d?taill?es des lectures qui les soutiennent. Enfin, j'ai contribu? ? l'identification d'un nouvel ?v?nement de fusion dans le lymphome, avec des implications th?rapeutiques potentielles dans les ?chantillons cliniques. J'ai valid? cette fusion in silico et par validation exp?rimentale.

Author: Yuxiang Tan

Publisher: Editions Notre Savoir

Publication Date: Dec 27, 2024

Number of Pages: 80 pages

Binding: Paperback or Softback

ISBN-10: 6208502179

ISBN-13: 9786208502171