Etude in Silico D Amorces de PCR

Avec l'av?nement des technologies bas?es sur l'ADN, les m?thodes mol?culaires de d?tection bact?rienne (e.g. la Polymerase Chain Reaction (PCR)) sont progressivement en train de remplacer les m?thodes de d?tection traditionnelles bas?es sur la culture cellulaire et la caract?risation biochimique de souches. Les amorces de PCR sont des petites s?quences d'ADN qui vont permettre de cibler une r?gion g?n?tique ? amplifier. La nature de leur s?quence va donc conditionner la sp?cificit? et la couverture (ou sensibilit?) de la d?tection par PCR. Au cours de ma th?se, je me suis int?ress? aux amorces de PCR qui ont ?t? publi?es dans la litt?rature scientifique. J'ai ?labor? plusieurs proc?dures automatis?es (pipelines) de bioinformatique pour (1) rechercher toutes les s?quences d'un g?ne, (2) tous les articles scientifiques qui traitent de ce g?ne, (3) toutes les amorces PCR issues de cette litt?rature, et (4) v?rifier leur efficacit?, i.e. leur sp?cificit? et leur couverture vis ? vis de l'esp?ce bact?rienne cibl?e. Le site internet http: //patho-genes.org regroupe tous les r?sultats et le logiciel (Oligomer-Extractor) qui ont ?t? d?velopp?s au cours de mes travaux.

Author: Gardes-J

Publisher: Omniscriptum

Publication Date: Feb 28, 2018

Number of Pages: 124 pages

Binding: Paperback or Softback

ISBN-10: 6131535310

ISBN-13: 9786131535314